پاکستان از سوی دولت افغانستان مورد انتقادات شدید قرار گرفته است و مکررا" اسلام آباد را به حمایت از گروه های طالبان و شبکه حقانی متهم می کند.

محمد اشرف غنی، رئیس جمهوری افغانستان در آغاز دوره ریاست جمهوری خود دست دوستی به سوی دولت پاکستان دراز کرد و می خواست از راه دوستی این کشور را به همکاری در ایجاد صلح و پایان دادن به جنگ در افغانستان تشویق کند. در آن هنگام رفت و آمدهای خیلی گرم از سوی مقامات ارشد هر دو کشور به اسلام آباد و کابل نیز صورت گرفت، اما اشرف غنی با گذشت دو سال که نتیجه خاصی به دست نیاورد، موضع خود را در قبال پاکستان تغییر داد و همان موضع حامد کرزای، رئیس جمهوری پیشین افغانستان را در قبال پاکستان اتخاذ کرد.

اشرف‎غنی در اجلاس اخیر سران ناتو که در ورشو، پایتخت لهستان برگزار شد، پاکستان را عامل اصلی ادامه جنگ در کشورش دانست. اما ناگفته نماند اشرف غنی، تنها پاکستان را مانع ایجاد صلح در کشورش دانسته است، در حالی که حامد کرزی پاکستان و امریکا را عاملان اصلی جنگ قلمداد کرده بود.

"رحمت ا... نبیل" رئیس سابق امنیت ملی افغانستان نیز با انتشار اسناد و مدارکی مدعی شده است که سازمان اطلاعات پاکستان (ISI) از طالبان و شبکه حقانی حمایت می کند.

نبیل در این اسناد و مدارکی که به رسانه ها تحویل شده است، مدعی است که سازمان اطلاعات، جای امن، تجهیزات و امکانات برای فرماندهان طالبان و شبکه حقانی فراهم کرده است و با اشاره به عملیات ارتش پاکستان در وزیرستان شمالی که در سال 2014 آغاز شده است، ادعا می کند که این عملیات با هدف انتقال تروریست ها به افغانستان و برهم زدن انتخابات ریاست جمهوری افغانستان صورت گرفته بود و فرماندهان و نیروهای شبکه حقانی قبل از آغاز عملیات به جای امن انتقال داده شده بودند. از سوی دیگر برخی مقامات کنونی و سابق دولت امریکا نیز پاکستان را به باد انتقاد گرفته‎اند.

"زلمی خلیل زاد"، سفیر سابق امریکا در افغانستان، عراق و سازمان ملل، در مصاحبه ها و همچنین در جلسه کمیته امور خارجی در کنگره امریکا به صراحت گفت: ارتش و سازمان اطلاعاتی پاکستان از طالبان و شبکه حقانی حمایت می کند و درصدد است حکومت افغانستان را ساقط کند.

سفیر سابق امریکا در سازمان ملل از دولت امریکا خواست که پاکستان را منزوی و مورد تحریم های اقتصادی قرار دهد تا دست از دخالت در افغانستان بردارد.

"جان مک کین" عضو جمهوری خواه سنای آمریکا نیز چندی پیش به افغانستان و پاکستان سفر کرد و با بازگشت به کشورش در مصاحبه با رسانه‎ها، گفت طالبان و شبکه حقانی در پاکستان فعال هستند و تا زمانی که حمایت پاکستان از این گروه‎ها ادامه داشته باشد، سرکوب این گروه‎ها ممکن نیست.