روابط مصر و قطر پس از برکناری محمد مرسی رئیس جمهوری مصر از قدرت در سال 2013 سیر نزولی داشته است. دولت قطر از حامیان اصلی انقلاب سال 2011 مردم مصر و محمد مرسی بود. شبکه الجزیره قطر نیز همسو با سیاست های دولت دوحه ، تحولات سال های 2011 و 2012 مصر را طبق راهبرد دولت قطرپوشش داد.
ناکامی اخوان المسلمین در حفظ قدرت و برکناری محمد مرسی از ریاست جمهوری مصر، سبب سردی روابط مصروقطر شد. دولت مصر به قطر به چشم یک دولت ذره ای می نگرد که به استثنای اقتصاد و رسانه قوی، فاقد توانمندی نقش آفرینی در تحولات منطقه خاورمیانه است.
دولت مصر بر این باور است که دولت قطر از توان اقتصادی خود برای مداخله و هرج و مرج آفرینی در امور داخلی دیگر کشورها از جمله مصر، سوریه و لیبی بهره می گیرد. شبکه الجزیره نیز با انتشاراخبار جعلی و بزرگنمایی مشکلات کشورهایی نظیر مصر، سعی درفریب افکار عمومی در بحران سوریه و تحریک افکار عمومی علیه دولت مصر دارد.
وزارت کشور مصر در بیانیه ای اعلام کرد «محمود حسین جمعه»، خبرنگار شبکه الجزیره به اتهام فتنه انگیزی و تحریک علیه موسسات دولتی و تلاش برای ایجاد هرج و مرج در مصر بازداشت شده است. دادستانی عالی امنیتی مصر نیز علت بازداشت خبرنگار الجزیره را دست داشتن وی در نشر اخبار و شایعات دروغ پیرامون اوضاع داخلی مصر اعلام کرد.
موضوع دیگری که درباره دولت قطر مصداق دارد و دولت مصر نیز به آن اشاره کرده ، حمایت از تروریسم و گروههای تروریستی در منطقه خاورمیانه از جمله در کشورهای سوریه، عراق و لیبی است. در بحران لیبی که بر امنیت مصر تاثیر گذار است، دولت قطر پیش ازتوافقنامه صخیرات دردسامبر 2015 میان گروههای لیبیایی، ازحامیان اصلی دولت ومجلس مستقر درطرابلس بود که جامعه جهانی آنرا به رسمیت نمی شناسد.
دوحه اکنون با شکست تروریستها در سوریه و عراق، می کوشد با کمک برخی دیگرازکشورهای حامی تروریستها در خاورمیانه، آنها را در لیبی مستقر کند. این در حالی است که حضور تروریستهای داعش در لیبی ، تهدیدی مستقیم علیه امنیت ملی مصر است.
به گفته منابع امنیتی مصر، قطر در اعزام داعشی‌ها و شبه نظامیان مسلح از عراق، سوریه و یمن به لیبی از طریق خاک ترکیه مشارکت دارد.
قرار است تروریستها درطرابلس و شهر سرت لیبی مستقر شوند و ازآنجا به برقه (تحت کنترل نیروهای خلیفه حفتر) و حتی مرزهای شرقی لیبی بروند که مقابل مرزهای غربی مصر است. این منبع امنیتی مصرافزود این طرح با هدف اجرای عملیات تروریستی در مرزهای غربی مصر و به تحلیل بردن نیروهای امنیتی این کشور است.
